近10多年来生物工程技术的迅速发展，使转基因产品不断涌现，这丰富了人们的物质生活，改善了人们的食物结构。但是在国际有机农业运动联盟基本标准中明确规定“在有机生产和加工中不能存在基因工程”，要求“种子或种苗来自于自然界，未经基因工程技术改造过”，所以，在有机园艺生产中要禁止使用转基因种苗。但有机农业生产究竟为什么要排斥基因工程产品呢？这主要由于转基因产品违背有机农业基本原则，存在许多社会和生态环境隐患。

1、转基因与有机农业的基本原则和宗旨相左

首先转基因产品与有机农业的目标和基本原则相违背。基因工程技术的****特点就是打破物种之间的遗传界线，使不同种属的物种之间进行较大规模的基因交流成为现实，直接或间接影响对某特定物种专一依赖的生物的生存，可能导致一些共生类生物和寄生类生物的不适应或消亡，这显然是违背自然界的生态规律的，因而与有机农业“遵循自然规律和生态学原理”的基本原则相违背。美国康乃尔大学的学者发现，一种转Bt基因的玉米含有对昆虫有毒的蛋白，可以产生杀死害虫的花粉，然而身为益虫的一种美洲大蝴蝶食用了这种转基因玉米花粉后有44％死亡，这表明转基因农产品可能存在安全隐患，会破坏自然界的物种和生态平衡，有可能造成生态灾难。

保持生物的多样性是有机农业的目标之一，转基因产品的生产和广泛使用会引起生物遗传多样性的丧失。墨西哥是玉米的起源地和品种多样性集中地，田间种植转基因玉米，其花粉会传到野生玉米上。2001年11月29日，美国加州大学的研究人员在英国《自然》杂志发表论文称：墨西哥偏僻的瓦哈卡山区的野生玉米，受到了转基因玉米DNA片断的污染。2002年1月23日，墨西哥环境部门称墨西哥瓦哈卡山区野生玉米的污染比率高达35%，生态专家强调，“如果不尽快采取措施，墨西哥玉米宝贵的生物多样性资源将遭到破坏”。

环境友好和保护生态环境是有机农业的根本特征，转基因产品的生产和广泛使用会带来新的环境污染---“基因污染”。转基因作物中含有从不相关的物种转入的外源基因，例如，美国孟山都公司的转基因大豆含有矮牵牛的抗除草剂基因。这些外源基因有可能通过花粉传授等途径使外源基因扩散到其他物种，造成了自然界基因库的混杂或污染，生物学家将这种过程称为“基因漂流”(gene flow)，环保主义者则称之为“基因污染”(genetic contamination)。基因污染可能在附近生长的野生相关植物或邻近农田的非转基因作物被转基因作物授粉、转基因作物在自然条件下存活并发育成为野生的或杂草化的转基因植物、土壤微生物或动物肠道微生物吸收转基因作物后获得外源基因等情况下发生。与其他形式的环境污染不同，植物和微生物的生长和繁殖可能使基因污染成为一种蔓延性的灾难，而更为可怕的是，基因污染是不可逆转的。2000年8月，法国农业专家研究发现，转基因油菜可与野生植物自然杂交，从而证实种植转基因油菜对周围环境会产生一定的影响。

2、转基因产品存在难以消弭的安全隐患

有机农业的重要目标是保持环境和食品的安全，而转基因产品存在难以消弭的安全隐患。首先是“超级杂草”的出现，在自然界中，通过授粉的方式，某个物种的基因漂流到另一个物种，或者说实现杂交，本是一件寻常事。但由于转基因作物中转入的外源基因通常具有某种特殊的性状，例如杀虫、抗除草剂等，这种基因如果漂流到另一个物种，就可能带来明显的环境影响。2002年2月，英国政府环境顾问提交的一份报告中，特意描述了加拿大转基因油菜超级杂草的威胁。对多种除草剂具有抗性的超级杂草，是由对不同除草剂具有抗性的转基因油菜植株之间交叉授粉实现的。

更不安全的是转基因成分会进入人类的食物链，也就是人们普遍关注的转基因食品的食用安全性问题。因为转基因食品中可能含有的免疫或致敏物质使人类机体产生变态或过敏反应，可能会破坏人体的免疫机能。1998年8月10日，苏格兰Rowett研究所资深营养学家Aprpad Pusztai博士公布了一项研究结果，称转雪花莲凝集素（GNA）基因的马铃薯能够对大鼠的内脏器官和免疫系统造成损害，而对于人类来讲，类似的影响可能会导致癌症发病率和死亡率的大幅上升。1999年，Aprpad Pusztai博士又同病理学家Stanley Ewen一起研究了转GNA基因抗虫马铃薯对大鼠胃肠道不同部分的影响，结果发现，大鼠胃粘膜、腔肠绒毛以及肠道的小囊长度均有不同程度的变化。他们得出结论：胃粘膜的加厚主要是GNA基因表达的后果，而小肠和盲肠的变化主要是由遗传操作或／和转基因引起的。另外，科学家还发现美国一家种子公司培育的转巴西坚果2S清蛋白基因大豆种子的贮藏蛋白很可能会使对巴西坚果过敏的人群产生过敏反应。

转基因食品的物质成分可能与非转基因食品具有显着不同，转基因食品中也可能含有对人体有毒害作用的物质，长期食用转基因食品可能对人体健康产生某些不利影响，如转基因食品可能影响人体的抗病能力，也可能引起人类急、慢性中毒或产生致癌、致畸、致突变作用。同时转基因产品中的主要营养成份、微量营养成份及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡。

由于转基因植物中有90%以上都使用卡那霉素抗性基因作为标志基因，因此转基因食品中的标志基因表达蛋白可能对人体肠道中的正常微生物群落造成不利影响，卡那霉素抗性基因还可能被肠道中的有害菌所吸收，使肠道中大量孳生具有抗药性的有害菌。2002年，英国《自然》和美国《科学》杂志陆续报道：转基因食品中的DNA片段可以进入人体肠道中的细菌体内。英国食品标准协会为此做了关于转基因食品安全的第一个人体实验,他们给12名健康志愿者和7名手术切除部分结肠的志愿者，吃了含转基因大豆的汉堡包和牛奶冰激凌食品，结果显示虽然健康者的粪便中没有发现转基因大豆的转基因，但是，在那些切除过结肠的受试者的粪便中，确实发现了3.7％的大豆转基因，这表明有极小量的细菌摄入了大豆转基因。